כן, פטור מתשלום אגרת פתיחת תיק ינתן במקרים מסוימים. תקנות בתי המשפט (אגרות), תשס"ז-2007, מציינות סוגים של בעלי-דין שמעצם הסטטוס שלהם זכאים לפטור מאגרה (למשל, בעלי-דין בעלי קושי כלכלי אשר עומדים בתנאים מסוימים).
במקרים בהם בעל-דין מעוניין לקבל פטור מאגרה, עליו לצרף לכתב התביעה בקשה לפטור מתשלום אגרה, בצירוף מסמכים מסוימים הקבועים בתקנות לפי סוג הפטור המבוקש. למשל, בעל-דין הטוען שאין לו יכולת כלכלית לשלם את האגרה צריך לצרף לבקשה תצהיר שיפרט בו את רכושו, רכוש בן זוגו ורכוש הוריו אם הוא סמוך על שולחנם, ומקורות הכנסתו בששת החודשים שקדמו לתאריך הבקשה. לעניין זה, ניתן להיעזר בטופס לדוגמה שפרסמה הרשות השופטת.
